A palavra Bali, com a qual a ilha foi batizada no século IX, deriva da palavra Wali. Wali ou Wari era o termo com o qual os nativos, que muito veneravam seus deuses, chamavam o ato de adoração. Wali é uma palavra do sânscrito que significa "sacrifício oferecido ao deus", "adoração", "culto" ou "oferenda".
Bali foi povoada antes da Idade do Bronze, por volta de 300 a.C.. Inscrições em pedra datadas do século IX são os registros humanos mais antigos já encontrados na ilha.
O centro da cultura de Bali eram o cultivo de
arroz e os rituais. Um dia, comerciantes indianos que haviam se perdido no
Oceano Índico chegaram à ilha. Depois de algum tempo, eles realizaram a introdução do
hinduísmo em Bali,
Java, e outras ilhas da região.
Entre
1019 e
1042, na
Ilha de Java, os javaneses estavam lutando para recuperar o reino perdido do Rei Airlanga. Durante a luta, a mãe do rei fugiu para Bali, levando para lá o idioma de Java, chamado kavi. O kavi era usado em Bali pela realeza. A prova do uso desse idioma são as rochas talhadas encontradas em Gunung Kavi, próximo a Tampaksiring. Elas relacionam a cultura de Bali e Java do século IX. Após o
século XIII, várias dinastias javanesas governaram Bali.
O primeiro europeu, um italiano chamado
Marco Polo, chegou a Bali em
1292. Depois, passaram-se muitos anos até chegarem outros europeus.
Em
1478, o
islamismo chegou a
Java. Uma vez que os javaneses resistiam a mudar suas crenças, houve um êxodo deles para Bali.
Depois de algum tempo, os
portugueses chegaram à ilha. Depois, os
holandeses. Na primeira expedição holandesa, que ocorreu em
1597 e foi comandada por Cornelius Houtman, parte da tripulação se recusou a voltar para a
Holanda e passou a viver em Bali. No início do
século XIII, Bali já tinha estatuto de colônia holandesa, que substituíra os
portugueses no comércio, principalmente o de especiarias. Em benefício dos holandeses, os balineses foram obrigados a trabalhar nas plantações.
No ano de
1904, os holandeses já controlavam a porção norte do território de Bali, mas desejavam dominar toda a ilha. Com esse objetivo, eles promoveram, no mesmo ano, um massacre. Eles tentaram, em vários momentos, render os nativos com o uso de armas de fogo. Porém, os balineses resistiram e enfrentaram os colonizadores com adagas. O final dessa luta desigual foram aproximadamente 4 mil pessoas assassinadas.